2012年12月24日，西南院2012年版《管理制度匯編》正式印發執行。這是該院近8年來第3次對業務流程進行全面梳理取得的管理成果。標志著該院制度體系為進一步規范經營行為，防范經營風險，實現管理職能合理配置奠定了更堅實的基礎。

西南院2012年版管理制度涵蓋了行政、人事、財務、科研、生產和經營等10個分類、122項管理制度，其中新增22項、修訂97項。

主要針對在管理變革過程中發現的問題進行不斷完善和提高，對業務調整后的制度進行補充完善，重點強化了科研、生產、商務、采購管理及信息化建設等方面的制度建設，突出了重點環節、關鍵節點的工作職責。在流程的梳理中還將協同辦公系統操作流程與管理制度合并執行，增強了管理制度的可操作性和執行效率。同時，還加強了經濟運行中的執行、監督和考核，形成了經濟運行、條件保障、監督管理的制度體系。

該院在加強制度建設的同時，進一步強化了制度執行力和跟蹤考核，基本形成了了有章可循、按章辦事、規范運行的管理機制。

另悉，西南院結合發展實際，堅持不懈抓好制度體系建設，通過印發執行2004年版、2009年版和2012年版管理制度匯編，不斷完善了業務流程疏理，基本形成了操作性強、針對性強、科學規范的管理體系，有效提高了管理效率。